Uprava za saradnju s crkvama i verskim zajednicama vrši stručne poslove koji se odnose na:
- afirmaciju i razvoj slobode veroispovedanja;
- saradnju države sa crkvama i verskim zajednicama i unapređenje njihovog položaja u društvu;
- afirmisanje verskih osnova i sadržaja srpskog nacionalnog identiteta;
- pomoć u zaštiti verskih komponenata u kulturnom i etničkom identitetu nacionalnih manjina;
- poklonička putovanja, hodočašće i druge oblike verskog turizma;
- saradnju države sa eparhijama Srpske pravoslavne crkve u inostranstvu;
- razvoj i afirmisanje vrednosti religijske kulture;
- podršku razvoju verskog obrazovanja i pomoć pri uključivanju u sistem obrazovanja;
- pružanje podrške i pomoći pri sakralnom graditeljstvu i zaštiti crkvenog kulturnog nasleđa;
- pružanje pomoći u zaštiti pravnog i društvenog položaja crkava i verskih zajednica, ostvarivanju njihovih zakonom utvrđenih prava, uređivanju i poboljšanju socijalno-materijalnog položaja nosilaca vere (sveštenomonaštvo, verski službenici, đaci i studenti verskih škola).
Za obavljanje poslova iz delokruga Uprave, obrazuju se sledeće osnovne unutrašnje jedinice:
1. Sektor za unapređenje položaja crkava i verskih zajednica i međunarodnu saradnju;
2. Sektor za pravne, finansijske i opšte poslove
U Sektoru za unapređenje položaja crkava i verskih zajednica i međunarodnu saradnju, obrazuju se uža unutrašnja jedinica Odeljenje za saradnju s crkvama i verskim zajednicama.
U Sektoru za pravne, finansijske i opšte poslove, obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:
1. Grupa za pravne i opšte poslove;
2. Grupa za finansijske i računovodstvene poslove